Na místě nynějšího divadla Hybernie stával původně gotický klášter sv. Ambrože, postavený Karlem IV. na paměť jeho korunovace železnou korunou lombardskou v Miláně. Spravovali jej milánští benediktini. Kostel byl silně poškozen za husitských válek, později byl v držení minoritů a po nich dalších vlastníků. Roku 1630 sem přišli irští františkáni (Irsko je latinsky Hybernia), kteří zde postavili svůj klášter a v letech 1653–59 raně barokní kostel Neposkvrněného početí Panny Marie podle projektu Carlem Luragem. Podle legendy v klášterních zahradách irští mniši poprvé v Praze pěstovali brambory.
V rámci josefinských reforem byl klášter roku 1775 zrušen a jeho budovy byly převedeny do vojenské správy. Roku 1793 byl kostel prodán v dražbě hraběti Sweeerts-Sporck. Ten v něm chtěl zřídit divadlo. Ovšem zůstalo jenom u přání a kostel byl poté v roce 1811 až 1813 přestavěn na celnici s finanční úřadem. Vnitřní prostory byly pro potřeby úřadu přestavěny / vznikli nové patra/, přičemž autorem plánů a i nového honosného empírového průčelí byl pravděpodobně architekt Georg Fischer. Další zásadní změna přišla v letech 1938–1949, kdy byl kostel přestavěn na výstavní síň. Jako výstavní síň pak dům sloužil až do roku 1991, kdy byl jako zchátralý uzavřen.
Na konci devadesátých let započala rekonstrukce, která měla dům U Hybernů přeměnit na muzikálové divadlo. Jeho velký sál počítal s obnovou původního barokního prostoru. Během stavby došlo k demolici transeptu, vítězného oblouku a barokních kleneb nad těmito partiemi, což celkem představovalo zhruba pětinu dochovaného barokního kostela. Důvodem této změny bylo provaziště. Dále byl vybourán dřevěný krov a nahrazen železnou konstrukcí, která měla obsáhnout dvě patra kanceláří pro provoz divadla. Krátce poté došly peníze a rozestavěná budova pak několik let chátrala.
Nakonec se našel investor, který se vrátil k původnímu projektu muzikálového divadla a rekonstrukci v roce 2006 zdárně dokončil. A od té doby využíváme tuto nádhernou scénu k baletním představením.
V současné době neuvádíme žádná představení na tomto místě.
